Die Kirchenmusik an der Jesuitenkirche wird von verschiedenen Gruppen getragen.

Collegium Musicum der Jesuitenkirche Luzern

Ein wichtiger Träger des kirchenmusikalischen Lebens an der Jesuitenkirche ist das 1982 von Alois Koch gegründete Collegium Musicum Luzern, das aus einem Chor, einem Vokalensemble und einem Orchester besteht. Es gestaltet das kirchliche Leben an der Jesuitenkirche aktiv musikalisch mit und hat sich deshalb hauptsächlich auf die Aufführung von Messen aus allen Epochen spezialisiert. 
Das Collegium Musicum arbeitet eng mit der Hochschule Luzern – Musik sowie den Luzerner Sängerknaben und dem Luzerner Mädchenchor zusammen. Der Chor steht qualifizierten Sängerinnen und Sängern offen. Seit August 2009 ist Pascal Mayer künstlerischer Leiter.

Schola Gregoriana

Die Schola Gregoriana Lucernensis der Jesuitenkirche Luzern steht unter der Leitung von Prof. Dr. David Eben aus Prag. Ihre Aufgabe ist die regelmässige Gestaltung von Choralämtern in der Jesuitenkirche Luzern. Sie besteht aus aus Absolventinnen und Absolventen der Hochschule Luzern und weiteren qualifizierten Sängerinnen und Sängern. Ebenso arbeitet sie mit der Schola Gregoriana «Linea et harmonia» zusammen.

Luzerner Sängerknaben und Luzerner Mädchenchor

Die Luzerner Kantorei fördert Kinder und Jugendliche zwischen fünf und zwanzig Jahren aus der gesamten Zentralschweiz. Sie gibt ihnen die Möglichkeit, ihr Talent und ihre Freude am Singen unter gleichgesinnten Freunden zu entfalten und durch Konzerte und Auftritte Erfolg und Anerkennung zu erfahren. Ihre Ensembles Luzerner Sängerknaben und Luzerner Mädchenchor sind rege und geschätzte Partner der professionellen Musikszene: Produktionen mit dem Luzerner Theater und weiteren Theatern, mit Lucerne Festival, Sendungen bei Radio SRF, CD-Produktionen, grosse Singlager und nicht zuletzt Gottesdienste in der Jesuitenkirche und Hofkirche Luzern bieten den jungen Sängern ein spannendes und abwechslungsreiches Jahresprogramm. Künstlerischer Leiter der Luzerner Kantorei ist Eberhard Rex, der seit über dreissig Jahren mit Kinderstimmen arbeitet und im Jahr 2000 nach Luzern berufen wurde. Seither hat er die ihm anvertrauten Ensembles von gleichstimmigen Chören hin zu vollstimmigen Klangkörpern entwickelt und immer wieder zu herausragenden Aufführungen des klassischen Konzertrepertoires geführt.

• P. Dr. Hansruedi Kleiber SJ, Präfekt der Jesuitenkirche Luzerns
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Suzanne Z'Graggen, Leitende Kirchenmusikerin und Hauptorganistin
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Pascal Mayer, Künstlerischer Leiter des Collegium Musicum Luzern
• Cornelia Dillier, Koordinatorin der Kirchenmusik an der Jesuitenkirche
• Mutsumi Ueno, Organistin
• Eberhard Rex, Künstlerischer Leite der Luzerner Kantorei
• Prof. Dr. David Eben, Choralmagister der Schola Gregoriana Lucernensis

• Prof. Dr. Alois Koch, Ehrendirigent des Collegium Musicum Luzern
• Markus Buholzer, Präsident des Collegium Musicum Luzern
• Reimar Houtman, Orchesteradministration des Collegium Musicum Luzern